I følge bandets nettside:"Navnet "Trans-Siberian Orchestra" var hjernebarnet til tekstforfatteren og komponisten Paul O'Neill. Paul så for seg bandet som et musikalsk tog som reiser over hele verden, forener kulturer og sprer ferieglede. Siberian"-delen av navnet henspiller på vintertemaet da toget ville bli fylt med musikere som fremførte ferieklassikere fra hele verden. "Trans"-delen refererer ikke bare til orkesterets internasjonale reise, men også til dets evne til å overskride musikalske grenser ."
Dette er sannsynligvis den fiksjonaliserte opprinnelsen til bandets navn, men andre kilder krediterer at navnet er avledet fra Trans-Siberian Railway, som er den lengste jernbanelinjen i verden. Jernbanen går gjennom åtte tidssoner og forbinder Moskva med Vladivostok. Den transsibirske jernbanen brukes ofte som et symbol på det enorme og mangfoldet i Russland, og det er mulig at bandets navn er en referanse til dette.