Juanes har også vært kjent for å bruke Gibson- og Fender-gitarer, samt spesiallagde instrumenter fra forskjellige luthiers.
Her er noen av gitarene som Juanes har vært kjent for å bruke:
* Martin D-28:Dette er Juanes' viktigste akustiske gitar, og han har brukt den på en rekke innspillinger og opptredener. D-28 er en gitar i dreadnought-stil med solid Sitka-grantopp og mahogni bak og sider. Den er kjent for sin varme, fyldige lyd.
* Martin D-45:Dette er en dyrere versjon med begrenset opplag av D-28, med en solid topp av Adirondack-gran og bakside og sider av rosentre.
* Martin OM-28:Dette er en gitar med mindre kropp enn D-28 og D-45, med en mer delikat lyd. Den egner seg godt til fingerplukking og klimring.
* Gibson J-45:Dette er en klassisk akustisk gitar fra Gibson, med en solid Sitka-grantopp og mahogni bak og sider. J-45 har en varm, slagkraftig lyd som er perfekt for rytmespilling.
* Fender Stratocaster:Dette er en klassisk elektrisk gitar fra Fender, med en solid orkropp, lønnehals og tre single-coil pickuper. Stratocaster er kjent for sin lyse, tunge lyd.
Juanes er en svært dyktig gitarist og han er i stand til å få et bredt spekter av lyder fra gitarene sine. Han er en mester i både akustisk og elektrisk gitar, og han er like komfortabel med å spille lead og rytme.