Nedbrytning av organiske materialer: Musikkinstrumenter og andre gjenstander relatert til musikk, som trommer, fløyter og rangler, er ofte laget av organiske materialer som brytes ned over tid. Dette gjør det vanskelig å finne og studere disse artefaktene.
Kulturelle endringer og migrasjoner: Etter hvert som kulturer utvikler seg og migrerer, endres også deres musikalske tradisjoner. Dette gjør det vanskelig å spore musikkens utvikling over tid, spesielt når det mangler skriftlige plater.
Begrensninger for arkeologiske bevis: Arkeologiske utgravninger kan gi litt innsikt i tidlige kulturers musikalske praksis, for eksempel oppdagelsen av musikkinstrumenter eller skildringer av musikere innen kunst. Imidlertid kan disse funnene være fragmentariske og kan ikke gi et fullstendig bilde av deres musikalske tradisjoner.
Subjektive tolkninger: Når man tolker arkeologiske bevis eller historiske beretninger, kan forskere gjøre subjektive vurderinger om betydningen og betydningen av disse funnene. Dette kan føre til ulike tolkninger og uenigheter blant forskere.
Hemmelighold og eksklusivitet: Noen musikalske praksiser kan ha blitt holdt hemmelig eller begrenset til visse grupper av mennesker i et samfunn, noe som gjør det vanskelig for utenforstående å lære om dem.