Generell betydning
Mange tror sporet handler om utnyttelse, materialisme, penger og varemerking av musikk og kunst. Tekstene antyder en forteller som er misfornøyd med de overfladiske og kommersielle sidene ved samfunnet og føler seg fanget av forventningene og kravene som stilles til ham. Sangens repeterende refreng, "Sliver of silver in the sand, pick it up, pick it up," kan representere et ønske om å hente noe av verdi, men til slutt bare finne tomheten.
Bibelske referanser
Noen mennesker tror at sangen inneholder religiøs symbolikk, spesielt fra Judas perspektiv. Åpningslyrikken «I got this feeling» kan referere til historien om Jesus som ber i Getsemane-hagen, hvor Judas ankommer med en mengde soldater for å arrestere Jesus. «Sølvet» som er nevnt kan referere til de tretti sølvmyntene Judas mottok for å forråde Jesus.
Personlige erfaringer
Kurt Cobain, bandets forsanger og låtskriver, hentet ofte inspirasjon fra sitt eget liv og personlige kamper i musikken sin. «Heart-Shaped Box» kan også reflektere Cobains egne erfaringer med rusavhengighet og depresjon, samt presset han følte fra musikkbransjen og medieoppmerksomhet.
Tolkning avhenger av lytteren
Det fine med kunst og musikk er at tolkningen av den er individuell og subjektiv. Det ultimate budskapet til «Heart Shaped Box» er åpent for tolkning og kan variere avhengig av den enkelte lytters perspektiv og erfaringer.