* Rex Goodwin: Lederen for Dark Signers, og hovedantagonisten i serien.
* Devack: Den første Dark Signer som dukket opp, og en tidligere venn av Yusei Fudo.
* Roman Goodwin: Rex sin bror, og den andre Dark Signer som dukket opp.
* Kalinin: En russisk Dark Signer som bruker et mørkt kort for å manipulere andre.
* Dåkete: En mystisk kvinne som dukker opp som den femte Dark Signer.
* Z-one: Et mektig vesen fra fremtiden som orkestrerer hendelsene i serien. Han er teknisk sett ingen Dark Signer, men han har en sterk tilknytning til dem.
* Antinomi: En gåtefull figur som dukker opp ved siden av Z-one, og som også er knyttet til Dark Signers.
Det er viktig å merke seg at mens Dark Signers er de primære antagonistene, er Z-one og Antinomy mer komplekse karakterer med sine egne motivasjoner.