Slik fungerer det:
1. Sjefduellen :Du kjemper mot "Final Boss" i "Den siste historien" nivå.
2. Forvandlingen :Etter å ha beseiret sjefen, forvandler Sonic seg til sin "Super"-form.
3. Det siste slaget :Den "endelige sjefen" dukker opp igjen i en ny form, og du kjemper mot den igjen på samme nivå .
Så du går ikke videre til et eget nivå etter den første sjefskampen. Du fortsetter ganske enkelt kampen mot «Final Boss» i sin nye, kraftigere form etter at Sonic transformerer.