Groudon (bakketype)
* Funnet i opprinnelseshulen etter å ha beseiret Elite Four og blitt mester.
* Kan bare fanges etter å ha fått den røde kulen.
Kyogre (vanntype)
* Funnet i opprinnelseshulen etter å ha beseiret Elite Four og blitt mester.
* Kan bare fanges etter å ha fått Blue Orb.
Rayquaza (drage/flygende type)
* Funnet i himmelsøylen etter at Groudon og Kyogre er beseiret.
* Kan bare fanges etter å ha oppnådd Red Orb og Blue Orb.
Regirock (rock-type)
* Funnet i det gamle tempelet i ørkenen, tilgjengelig etter å ha fått de tre Regi-nøklene.
* Du må aktivere templet ved å bruke tastene i en bestemt rekkefølge.
Regice (is-type)
* Funnet i det gamle tempelet i ørkenen, tilgjengelig etter å ha fått de tre Regi-nøklene.
* Du må aktivere templet ved å bruke tastene i en bestemt rekkefølge.
Register (stål-type)
* Funnet i det gamle tempelet i ørkenen, tilgjengelig etter å ha fått de tre Regi-nøklene.
* Du må aktivere templet ved å bruke tastene i en bestemt rekkefølge.
Latias (drage/psykisk-type)
* Funnet på Sørøya etter å ha fått Eon-fløyten.
* Kun tilgjengelig etter anskaffelse av Eon Flute.
Latios (drage/psykisk-type)
* Funnet på Sørøya etter å ha fått Eon-fløyten.
* Kun tilgjengelig etter anskaffelse av Eon Flute.
Jirachi (stål/synsk-type)
* Funnet i Wishmaker's House etter å ha fått Stjernesteinen.
* Dette er et sjeldent møte, og du må bruke Star Stone for å vekke den.
Mew (psykisk type)
* Ikke teknisk tilgjengelig gjennom vanlig spilling. Krever en feil eller jukseenhet for å anskaffe.
Merk: Mens du teknisk sett kan få tak i Mewtwo i Pokémon Emerald er det ikke et legendarisk møte. Den kan bli funnet i det forlatte Pokémon Mansion i Slateport City-området.