Det er to hovedkamre:
* Skyggekammeret: Det er her du møter Shadow Pokémon for første gang. Du må kjempe mot dem for å rense dem.
* Mørkets kammer: Dette er det siste kammeret hvor du møter den endelige sjefen, lederen av Shadow Pokémon. Den er tilgjengelig etter å ha fullført visse oppgaver og renset flere Shadow Pokémon.
Den nøyaktige plasseringen i Shadow Pokémon-anlegget er ikke spesifisert i spillet, men det er vanligvis funnet dypere inne i anlegget etter at du har kommet deg gjennom historien.