* 1567: Etter ektemannen, Lord Darnleys død, og hennes ekteskap med jarlen av Bothwell, ble Mary tvunget til å abdisere den skotske tronen og fengslet ved Lochleven Castle .
* 1568: Hun slapp unna Lochleven Castle, men ble beseiret i slaget ved Langside og flyktet til England, hvor hun ble fengslet resten av livet. Hun ble opprinnelig holdt på Carlisle Castle.
* 1568-1572: Hun ble flyttet til Bolton Castle og deretter Sheffield Castle.
* 1572-1587: Mary ble flyttet til Tutbury Castle, Wingfield Manor, Coventry, Chatsworth House, og til slutt til Fotheringhay Castle, hvor hun ble prøvd og henrettet i 1587.
Det er viktig å merke seg at hun ikke alltid ble holdt under tøffe forhold. Noen av fengslingene hennes var mer komfortable enn andre, avhengig av plasseringen og det politiske klimaet. Imidlertid var hun alltid under streng vakt og fikk aldri tilbake friheten.