Her er hvorfor:
* Ulike generasjoner: Pokémon Crystal er et Generation II-spill (utgitt i 2000), mens Pokémon Ruby er et Generation III-spill (utgitt i 2002).
* Inkompatible handelssystemer: Handelssystemene mellom de to generasjonene er fundamentalt forskjellige. De bruker forskjellige kommunikasjonsprotokoller og datastrukturer for lagring og overføring av Pokémon.
Derfor er direkte handel mellom Pokémon Crystal og Pokémon Ruby ikke mulig.