Det er best å tenke på dem som to forskjellige tilpasninger av samme manga.
* Fullmetal Alchemist (2003) er den første anime-tilpasningen, som avviker fra mangaen etter et visst punkt.
* Fullmetal Alchemist:Brotherhood (2009) er en mer trofast tilpasning av hele mangaen, som forteller en annen historie enn 2003-versjonen.
Så du bør begynne med *Fullmetal Alchemist:Brotherhood* fra episode 1.