Filmens historie fokuserer på oppdagelsen av Arken, et skjult romskip som inneholder et kraftig våpen, og den påfølgende kampen mot Decepticons. De menneskelige karakterene er stort sett fokusert på Sam Witwicky (Shia LaBeouf) og hans nye kjæreste, Carly Spencer (Rosie Huntington-Whiteley).
Mens den offisielle årsaken til Megan Foxs fravær ikke ble offentlig oppgitt, er det en utbredt oppfatning at hennes avgang skyldtes kreative forskjeller med regissør Michael Bay. Det skal ha vært spenninger mellom Fox og Bay under produksjonen av Transformers:Revenge of the Fallen (2009).
Til tross for hennes fravær er ikke Mikaelas skjebne eksplisitt tatt opp i filmen. Det antydes at hun og Sam har gått fra hverandre.