Noen Pokémon er imidlertid vanskeligere å finne eller krever at spesifikke forhold oppstår, noe som gjør dem mer utfordrende å få tak i. Her er noen eksempler:
* Legendariske Pokémon: Rayquaza er hovedfokuset i historien og er den eneste legendariske Pokémon som er tilgjengelig i spillet. Selv om det ikke er teknisk "sjeldent" når det gjelder å være tilgjengelig, er det absolutt en utfordring å fange.
* Shadow Pokémon: Dette er spesialversjoner av eksisterende Pokémon med unike evner og utseende. Noen skygge-Pokémon, for eksempel Shadow Lugia eller Shadow Mewtwo, er kun tilgjengelig gjennom spesifikke hendelser eller gjennom handel.
* Pokémon som krever spesifikke betingelser: Enkelte Pokémon, som Eeveelutions, kan bare vises under visse omstendigheter, for eksempel på bestemte tider på dagen eller på bestemte steder.
Til syvende og sist avhenger "sjeldenheten" til en Pokémon i XD:Gale of Darkness av definisjonen din og hva du anser som utfordrende å få tak i.