Gjennom hele boken oppstår mystiske forstenninger av mugglerfødte elever på Galtvorts område, og etterlater dem frosne som steinstatuer. Harry, sammen med sine beste venner Ron Weasley og Hermione Granger, tar sikte på å løse mysteriet med disse angrepene og forhindre ytterligere skade på medstudentene.
Stien fører Harry og vennene hans til ulike utfordringer og oppdagelser, inkludert å tyde gåter og møte magiske hindringer og feller, mens de raser mot tiden for å løse mysteriet som involverer Hemmelighetskammeret. Til syvende og sist møter Harry arvingen til Slytherin og skapningen som er gjemt i salen, noe som fører til en siste spennende konfrontasjon midt i farlige magiske farer.