Noen av de viktigste forskjellene mellom manga og anime inkluderer:
* Rekkefølgen på hendelsene er forskjellig. I mangaen skjer noen hendelser tidligere eller senere enn de gjør i anime. For eksempel, i mangaen møter Teito Klein Frau i det første kapittelet, mens de i animeen ikke møtes før episode 8.
* Noen tegn er forskjellige. I mangaen er det noen karakterer som ikke vises i animeen, og noen karakterer som vises i animeen vises ikke i mangaen. For eksempel vises ikke karakteren til Ceres i mangaen, mens karakteren til Mikage ikke vises i animeen.
* Slutten er annerledes. Manga og anime har forskjellige avslutninger. I mangaen avsluttes Teito Klein og Fraus reise annerledes enn den gjør i animeen.
Totalt sett er 07-Ghost manga og anime to distinkte og separate tolkninger av samme historie. Selv om de deler noen likheter, er det også mange forskjeller mellom de to versjonene.