Arsenal Gear er en massiv ubåt bevæpnet med atomvåpen. Det er kontrollert av Solidus Snake, lederen av Sons of Liberty, en terrororganisasjon. Raiden, spillerkarakteren, må infiltrere Arsenal Gear og stoppe Solidus fra å bruke atomvåpnene.
Kampen med Solidus er en spennende og utfordrende kamp. Solidus er en mektig motstander, og han bruker en rekke våpen og teknikker for å beseire Raiden. Raiden må bruke alle sine ferdigheter og evner for å beseire Solidus og redde verden.
Ødeleggelsen av Arsenal Gear og den siste kampen med Solidus Snake er et minneverdig øyeblikk fordi det er et vendepunkt i spillet. Det er punktet der Raiden til slutt beseirer fiendene sine og redder verden. Det er også et øyeblikk med stor katarsis, da Raiden endelig får hevn for foreldrenes død.