Det er 25 forskjellige naturer i spillet, hver med sine egne positive og negative effekter på spesifikke statistikker. For eksempel har en Pokémon med en Hardy Nature ingen statistiske justeringer, mens en med en Jolly Nature har et løft til hastigheten og en reduksjon i spesialangrepet.
Å forstå og administrere naturen er avgjørende for å bygge et effektivt Pokémon-team, siden de kan påvirke Pokémonens generelle styrker og svakheter. Spillere kan møte og rekruttere Pokémon med spesifikke naturer mens de utforsker fangehull eller ved å bruke Wonder Mail-funksjonen for å få kontakt med andre spillere.