Du vil ikke kunne komme inn i Hall of Fame, og du vil ikke kunne fange flere legendariske Pokémon.
I tillegg vil du ikke kunne få tilgang til noen av områdene som er låst opp ved å beseire de tre legendariske fuglene.
Hvis du har drept de tre legendariske fuglene, må du starte spillet på nytt for å fortsette å spille.