Forsvinningshandlingen har blitt tilskrevet utseendet til en mystisk skyggefigur kjent som "Darkrai", som antas å være ansvarlig for den forsvinnende Pokémonen. Den sanne årsaken til forsvinningshandlingen forblir imidlertid et mysterium, og Pokémon Rangers har i oppgave å undersøke og avdekke sannheten bak denne ekstraordinære hendelsen.