1. Samle de syv Chaos Emeralds: Disse er spredt utover spillets nivåer, og du trenger alle for å nå den siste kampen.
2. Sett mot Dark Gaia på slutten av spillet: Etter å ha samlet alle de syv Chaos Emeralds, vil du møte Dark Gaia i sin sanne form, et massivt, flerhodet beist.
3. Bruk Chaos Emeralds' kraft: Du vil bruke den kombinerte kraften til Emeralds for å rense Dark Gaia. Dette innebærer å bruke "Super Sonic"-skjemaet, som låses opp ved å samle alle de syv Chaos Emeralds.
4. Utfør rensingen: Mens du er i Super Sonic-form, slipper du løs et kraftig angrep på Dark Gaia. Dette angrepet dreper ikke Dark Gaia, men renser den i stedet, gjenoppretter balansen til verden og returnerer den til sin opprinnelige form.
Spillets historie fokuserer på ideen om restaurering heller enn direkte drap. Dark Gaia, selv om den er destruktiv, er til syvende og sist en del av verdens balanse, og målet er å returnere den til sin rettmessige plass.