I spillet velger du din startpokémon fra et utvalg av tre:
* Chimchar (brann)
* Turtwig (gress)
* Piplup (vann)
Spillet lar deg ikke velge andre Pokémon, inkludert Totodile, som startpartner.
Det er imidlertid måter å møte og samhandle med Totodile i spillet:
* Rekruttering: Du kan møte Totodile under dine eventyr og potensielt rekruttere den til laget ditt, akkurat som alle andre Pokémons.
* Handel: Du kan bytte Pokémon med andre spillere online eller via lokal trådløs tilkobling, noe som kan tillate deg å skaffe deg en Totodile.
* Spesielle arrangementer: Det kan være tidsbegrensede hendelser eller nedlastbart innhold som introduserer nye Pokémon, inkludert Totodile.
For å spille som Totodile, må du se til andre Pokémon Mystery Dungeon-spill eller fan-laget innhold.