* Du mister en garantert fangst. Master Ball er den eneste Poké Ball i spillet som har 100 % fangstrate, noe som betyr at du er garantert å fange hvilken som helst Pokémon, uansett hvor sjelden eller kraftig. Dette kan være spesielt frustrerende hvis du går glipp av en sjanse til å fange en legendarisk Pokémon eller en sjelden Shiny.
* Du kan ikke få en ny Master Ball. Du mottar bare én Master Ball i spillet, så når du først bruker den, er det det.
* Du må sannsynligvis stole på andre fangstmetoder. Du må bruke andre Poké Balls, sammen med strategier som å svekke Pokémonen eller bruke statuseffekter som Sleep eller Paralyze for å øke sjansene dine for å fange den. Dette kan være mer utfordrende og tidkrevende.
Det er imidlertid viktig å merke seg at:
* Du kan fortsatt fullføre spillet. Du trenger ikke Master Ball for å slå spillet eller fange alle Pokémonene. Du kan fortsatt fange hvilken som helst Pokémon med nok tålmodighet og strategi.
* Du kan alltid prøve på nytt. Hvis du spiller et nytt spill, kan du velge å lagre Master Ball for et senere, mer strategisk øyeblikk.
Til syvende og sist, om det er en stor sak å kaste bort en Master Ball, avhenger av din personlige spillestil og hvor mye du verdsetter å fange spesifikke Pokémon. Selv om det absolutt er en verdifull ressurs, er det ikke avgjørende for å nyte spillet.