1. Dialga vil slippe Time Gears han hadde absorbert, og gjenopprette tidsflyten til normal.
2. Spilleren og deres partner vil returnere til Treasure Town.
3. Dialga vil dukke opp og forklare spilleren og deres partner at hans handlinger var nødvendige for å forhindre en større katastrofe. Han avslører at en kraft kjent som "Dark Matter" har manipulert tid og forårsaket forskjellige forvrengninger og feil i verden.
4. Dialga gir spilleren og partneren oppgaven med å stoppe Dark Matter.
5. Etter denne samtalen vil historien fortsette med at spilleren og partneren deres utforsker fangehull, kjemper mot Pokémon og rekrutterer nye teammedlemmer mens de jobber for å avdekke sannheten bak Dark Matter og sette en stopper for dens uhyggelige planer.