Slutten etterlates med vilje tvetydig, noe som åpner for ulike tolkninger. Her er det vi vet:
* Pan er såret: Under den siste konfrontasjonen blir Pan skutt av den fascistiske kapteinen. Han kollapser og ser ut til å være dødelig såret.
* Ofelias reise: Ofelia, gjennom sin reise i labyrinten, har fått sin passasje til underverdenen. Dette antyder at hun kan bli med Pan i etterlivet.
* Sluttscenen: Mens Ofelia går gjennom portalen inn i underverdenen, blir ikke Pan sett. Dette fører til muligheten for at han er død eller rett og slett ikke vises.
Tolkninger:
* Pans død: Noen seere tror at Pan døde av sårene hans og Ofelia blir med ham i underverdenen.
* Pans overlevelse: Andre hevder at Pan kan ha overlevd og venter på Ofelia i underverdenen, eller at han rett og slett er et vesen av labyrinten og hans fysiske form er ikke like viktig.
* Symbolisk betydning: Tvetydigheten i Pans skjebne er sannsynligvis tilsiktet, og representerer kraften til fantasi og uskarphet av virkelighet og fantasi.
Til syvende og sist er meningen med slutten opp til seeren å bestemme. Filmen etterlater et sterkt spørsmål ubesvart:døde Pan, eller levde han videre i drømmenes og fantasiens rike?