* Utskrift: Noen kort ble skrevet ut i ekstremt begrensede mengder, som kampanjekort eller de som ble gitt ut ved spesifikke arrangementer.
* Tilstand: Et korts tilstand påvirker i stor grad dets sjeldenhet. Et uberørt kort i god stand vil være mye sjeldnere enn et sterkt spilt eller skadet.
* Utgave: Ulike trykk av samme kort kan ha varierende sjeldenheter, med tidlige utgaver som ofte er mer ettertraktede.
* Etterspørsel: Et korts popularitet og samlerinteresse kan også påvirke dets opplevde sjeldenhet.
Her er imidlertid noen kort som ofte regnes som blant de sjeldneste:
* «The Legendary Exodia»-sett: Dette settet med fem kort er notorisk sjeldent, spesielt "Exodia the Forbidden One"-kortet, siden det kun var tilgjengelig i settet "Legend of Blue-Eyes White Dragon".
* "Super Secret Rare" (SSR)-kort: Disse kortene ble opprinnelig trykt i begrensede mengder og er svært ettertraktet, spesielt fra de eldre settene.
* "Gold Secret Rare" (GSR)-kort: Disse kortene ble introdusert i settet "Magician's Force" og er ekstremt sjeldne på grunn av deres begrensede opplag.
* "Ghost Rare"-kort: Disse kortene ble opprinnelig introdusert i settet "Duelist of the Roses" og har en unik holografisk effekt. De er svært samleobjekter og sjeldne.
* "Limited Edition" (LE)-kort: Disse kortene ble skrevet ut i begrensede mengder og deles ofte ut ved spesielle arrangementer eller turneringer.
Til syvende og sist er det sjeldneste Yugioh-kortet det som er vanskeligst å finne i god stand og er svært ettertraktet av samlere.