Mewtwo kan bare bli funnet i dypet av Cerulean Cave. Mewtwo er utrolig vanskelig å beseire hvis du ikke er godt forberedt. Først, sørg for at du har fanget minst 40 Pokémon før du går inn i hulen. Du trenger flere sterke Pokémoner på høyt nivå for å beseire de forskjellige Pokémonene inne i hulen. Sørg også for å ha massevis av Hyper og Max Potions.
For å komme til Cerulean Cave, besøk først Pokemon Center på rute 24 rett ovenfor Fuchsia City. Snakk med kvinnen som sitter ved bordet til høyre for deg så snart du kommer inn, og hun vil spørre om du vil se et lysbildefremvisning om huler. Svar "ja", og hun vil vise deg flere lysbilder. Etter lysbildefremvisningen vil hun gi deg et bykart som viser plasseringen av Cerulean Cave. Ta dette kartet og vis det til politimannen til venstre for sentrum. Etter å ha vist ham kartet ditt, vil offiseren la deg passere. Gå opp til rute 25, som er porten over rute 24.
Surf over vannet og du kommer til en liten øy med en annen offiser på venstre side. Han vil ikke la deg passere før du har tjent åtte treningsmerker. Etter å ha oppnådd det åttende gymmerket, gå tilbake til rute 25. Offiseren vil bevege seg og du kan nå fortsette til Cerulean-hulen.
Før du går inn i Cerulean-hulen, forberede teamet ditt. Sørg for at du har en Pokémon som kan Surf og en Pokémon som kan lære Flash (for eksempel en Magnezone). Når du er klar, gå inn i Cerulean Cave og bruk Flash. Begynn å løpe fremover langs stien mens du unngår de ville Pokémonene som dukker opp med jevne mellomrom. Fortsett til du kommer til en dam; bruk Surf for å krysse dammen og lande langs kysten på den andre siden.
Fortsett langs denne stien til du kommer til en veiskille. Ta den venstre stien og gå videre til du kommer over en annen vei med to stier. Ta den riktige veien og fortsett til du kommer til en annen dam. Surf i dammen og land på kysten på den andre siden. Så snart du kommer deg på land, se ned og du vil se Mewtwo i en grop under føttene dine. Hvis du ønsker å fange Mewtwo, sørg for å senke HP uten å beseire den. Når helsen er dårlig nok, kast en Ultra eller bedre ball for å fange den.
Hvis du beseirer Mewtwo, vil den være borte for alltid. Mewtwo vil ikke dukke opp igjen i Cerulean-hulen, og du kan heller ikke finne den andre steder.