I Shrek den tredje er Shrek og Fiona i ferd med å bli foreldre. Men før de kan slå seg til ro, blir de avbrutt av en budbringer fra Far Far Away. Sendebudet informerer dem om at kong Harold har gått bort og at Shrek er den neste i rekken til tronen.
Shrek er motvillig til å påta seg rollen som konge, men han samtykker til slutt. Han, Fiona og Donkey drar til Far Far Away, hvor de blir møtt med fiendtlighet av innbyggerne. De blir også konfrontert av Prince Charming, som er fast bestemt på å ta over kongeriket for seg selv.
Ved hjelp av vennene sine klarer Shrek å beseire Prince Charming og redde kongeriket. Han lærer også at han er en god far og at han er i stand til å være en god konge.
I tillegg til hovedhistorien har Shrek the Third også en rekke underplott. Disse delplottene inkluderer eventyrene til Donkey and Puss in Boots, samt forsøkene til den onde heksen på å gjenopplive mannen hennes, Lord Farquad.
Shrek the Third er en morsom og underholdende film som garantert vil glede fans av Shrek-serien. Det er en historie om familie, vennskap og viktigheten av å være tro mot seg selv.