I romanen er Fantomet en deformert mann som bærer en maske for å skjule ansiktet. Han bor i katakombene under operahuset og bruker sitt musikalske geni til å kontrollere operasangere og scenekunstnere. Fantomet forelsker seg i en ung sopran ved navn Christine Daaé og blir besatt av henne. Han kidnapper henne og tar henne med til hulen hans i katakombene. Christine rømmer til slutt fra Fantomet, som forsvinner ut i natten.
Fantomets skjebne er tvetydig i romanen. I den originale franske versjonen av romanen sies Fantomet å ha hengt seg i katakombene. Imidlertid skal Fantomet i den engelske oversettelsen ha forsvunnet i kloakken i Paris.