* The Short-Timers (1990) :Han spiller en karakter kalt «Kapteinen» i denne svarte komedien om en gruppe soldater stasjonert på Filippinene.
* Bram Stokers Dracula (1992) :Han spiller rollen som Renfield, den mentalt forstyrrede pasienten til grev Dracula. Dette var en mer fremtredende rolle for ham.
* The Ballad of Little Jo (1993) :Han skildrer en mystisk karakter kalt «The Preacher» i dette vestlige dramaet.
* Mystery Men (1999) :Han har en cameo-rolle som «The Sweeper» i denne superheltkomedien.
* Big Fish (2003) :Han spiller «The Witch» i Tim Burtons fantasyfilm.
Det er verdt å merke seg at Tom Waits først og fremst er kjent for sin musikkarriere, og han har kun medvirket i noen få filmer. Han har en tendens til å velge roller som er mørke, eksentriske eller på annen måte ukonvensjonelle.