* Harry Potter, den unge trollmannen, som representerer gode: Han får i oppgave å stoppe Lord Voldemort fra å få tak i De vises stein, en kraftig magisk gjenstand som vil gi udødelighet og enorm kraft.
* Lord Voldemort, Mørkets Herre, som representerer ondskap: Han er besatt av å gjenvinne sin tapte kropp og kraft, og ser på De Vises stein som nøkkelen til å oppnå dette.
Denne sentrale konflikten kompliseres ytterligere av:
* Trusselen mot Galtvort og trollmannsverdenen: Voldemorts jakt på steinen setter hele det magiske fellesskapet i fare, siden han er en hensynsløs og destruktiv kraft.
* Harrys personlige kamp: Han må forsone seg med sine egne magiske evner og konfrontere sannheten om foreldrenes død og tilknytningen til Voldemort.
* De interne kampene til andre karakterer: Karakterer som Snape, Humlesnurr og til og med Ron og Hermine sliter med sine egne interne konflikter og motivasjoner, noe som tilfører historien kompleksitet.
Konflikten i Harry Potter og de vises stein er løst når Harry, med hjelp fra vennene sine, beseirer Voldemort og hindrer ham i å få tak i steinen. Denne seieren etablerer Harry som en helt og setter scenen for hans fremtidige kamper mot mørkets krefter.