Showet utforsket ofte temaer om fordommer, rasisme og intoleranse, men det tok aldri direkte opp Holocaust. Dette skyldtes sannsynligvis showets tidsperiode (1959-1964), ettersom Holocaust var et veldig nylig og følsomt tema som mange fremdeles kjempet med.
Imidlertid er det noen episoder som kan tolkes som å ha tangensielle forbindelser til Holocaust, for eksempel:
* "Monstrene skal på Maple Street" (1960): Denne episoden utforsker frykt, paranoia og farene ved mobbentalitet, som er temaer som resonerer med hendelsene i Holocaust.
* "The Invaders" (1962): Denne episoden inneholder en fremmed invasjon som er rettet mot mennesker basert på forskjellene deres, som kan sees på som en metafor for forfølgelse og intoleranse.
Det er viktig å huske at Twilight Zone var et produkt av sin tid, og det er vanskelig å bedømme det etter dagens standarder. Imidlertid har utforskningen av temaer som fordommer og frykt fortsatt relevans i dag.