1. Flukt fra frøken Hannigan: Annie flykter vellykket fra klørne til frøken Hannigan, den grusomme barnehjemsdirektøren, ved hjelp av sine nyfunne venner.
2. Avsløring av Daddy Warbucks' hemmelighet: Annie får vite sannheten om Daddy Warbucks, den velstående forretningsmannen som blir hennes verge, når han avslører at det var han som sendte "Daddy"-brevene til barnehjemmet.
3. Adopsjon: Annie blir offisielt adoptert av pappa Warbucks i en hjertevarmende seremoni, omgitt av vennene hennes fra barnehjemmet, og de blir en kjærlig familie.
4. Politisk seier: Daddy Warbucks bruker sin innflytelse og rikdom til å støtte president Franklin D. Roosevelts kampanje for gjenvalg, noe som resulterer i en seier som øker nasjonens moral under den store depresjonen.
5. Happily Ever After: Musikalen avsluttes med at Annie og Daddy Warbucks lever lykkelig alle sine dager i deres storslåtte herskapshus, sammen med deres nye hundekamerat, Sandy, og foreldreløse barna som også har funnet hjem.
6. Finale: Den siste scenen viser Annie og vennene hennes uttrykker sin glede og optimisme om fremtiden mens de synger den oppløftende sangen «Tomorrow» mens de går hånd i hånd.