Matilda står også overfor problemet med å håndtere den tyranniske rektoren på skolen hennes, Miss Trunchbull, hvis harde og undertrykkende metoder skaper et fiendtlig miljø for elevene. Matilda blir fast bestemt på å stå opp mot henne ved å bruke hennes ekstraordinære mentale krefter, inkludert telekinese, for å avsløre grusomheten og inkompetansen til frøken Trunchbull og få til positive endringer på skolen.
Et annet problem hun står overfor er å få rettferdighet for Miss Honey, en godhjertet lærer som har blitt dårlig behandlet av Miss Trunchbull. Matildas innsats for å hjelpe Miss Honey førte til slutt til fjerning av Miss Trunchbull og et lykkeligere miljø for elevene på skolen.