2. Økonomiske vanskeligheter: Puritanerne var ikke rike mennesker, og de slet ofte med å tjene til livets opphold i New England. Jorda var vanskelig å dyrke, og klimaet var hardt.
3. Sykdom: Puritanerne ble også plaget av sykdom. Kopper, meslinger og andre infeksjonssykdommer var vanlige, og de viste seg ofte dødelige.
4. Indianerangrep: Puritanerne var også konstant i krig med indianerne. Indianerne mislikte puritanernes inngrep i deres land, og de angrep ofte puritanske bosetninger.
5. Hekseri: Puritanerne trodde også på hekseri, og de anklaget ofte uskyldige mennesker for å være hekser. Dette førte til Salem-hekseprosessene, der 20 personer ble henrettet.
6. Intern konflikt: Puritanerne var ikke en monolittisk gruppe, og de var ofte uenige med hverandre. Dette førte til konflikter i det puritanske samfunnet, som noen ganger resulterte i vold.