I 1847 anla Scott et søksmål mot sin eier, John Sandford, for hans frihet. Scott hevdet at han hadde blitt en fri mann da han bodde i det frie territoriet til Illinois. Saken ble til slutt anket til USAs høyesterett, som avgjorde mot Scott i 1857.
Dred Scott-avgjørelsen var en av de mest kontroversielle høyesterettsavgjørelsene i amerikansk historie. Den slo fast at afroamerikanere ikke var statsborgere og ikke kunne saksøke i føderal domstol. Den sa også at Missouri-kompromisset fra 1820, som hadde forbudt slaveri nord for 36°30′-bredden, var grunnlovsstridig.
Dred Scott-avgjørelsen utdypet skillet mellom nord og sør ytterligere og bidro til å bringe borgerkrigen i gang. Det var en stor seier for de slaveholdende sørene, men det gjorde også mange mennesker i nord rasende og bidro til å forene anti-slaveristyrker. Avgjørelsen ble omgjort av vedtakelsen av den trettende endringen til den amerikanske grunnloven i 1865, som avskaffet slaveriet.
I tillegg til dens juridiske og politiske betydning, hadde Dred Scott-saken også en betydelig innvirkning på Dred Scotts personlige liv. Han og familien ble frigjort etter borgerkrigen, men de møtte mange utfordringer og vanskeligheter i årene som fulgte. Scott døde av tuberkulose i 1858, bare noen få måneder etter at saken hans ble avgjort av Høyesterett.
I dag huskes Dred Scott som et symbol på kampen for raselikhet i Amerika. Saken hans var et stort vendepunkt i nasjonens historie, og det bidro til å bane vei for avskaffelsen av slaveriet.