Morrisons død skjedde i Paris, Frankrike, hvor han hadde bodd sammen med sin partner Pamela Courson. 2. juli 1971 ble Morrison funnet bevisstløs i badekaret i leiligheten sin av Courson. Hun ropte etter hjelp, og Morrison ble hastet til sykehuset, hvor han ble erklært død ved ankomst.
De eksakte omstendighetene som førte til Morrisons død har aldri blitt fullstendig avklart. Noen kilder hevder at han døde av en overdose medikamenter, mens andre antyder at han kan ha lidd av et hjerteinfarkt eller en kombinasjon av faktorer. Obduksjonsrapporten indikerte at Morrison hadde konsumert en stor mengde alkohol og heroin før hans død.
Teorier om Morrisons død fortsetter å sirkulere frem til i dag, og det er fortsatt et av de mest varige mysteriene i rockemusikkhistorien. Morrisons for tidlige bortgang i en så ung alder bidro til hans ikoniske status og gjorde ham til et symbol på utskeielser og tragedier som ofte følger rock and roll-verdenen.