I Pokémon Crystal reiser du mellom byer og tettsteder ved hjelp av ulike metoder:
* Gå: Den vanligste metoden, spesielt tidlig i spillet.
* Sykling: Tilgjengelig når du får en sykkel fra sykkelveien i Goldenrod City.
* Båt: Brukes til å reise mellom visse byer, som fra New Bark Town til Violet City.
* Tog: Brukes til å reise til visse byer, som fra Goldenrod City til Ecruteak City. Du kjøper togbilletter for å sykle, men det er ikke et dedikert "jernbanepass".
Spillet har ikke et jernbanepasssystem som noen senere Pokemon-spill, som Pokemon Diamond, Pearl og Platinum.