Mens Henry Hudson blir kreditert med å være den første europeeren som utforsket elven i 1609, hadde elven allerede et navn gitt til den av indianerne som bodde i området.
Navnet "Hudson" ble gitt til elven av nederlandske oppdagelsesreisende som fulgte Hudsons vei. De kalte det "de Rivier van de Heiligen" (de hellige elvene) og "de noordt rivier" (North River), men navnet "Hudson" ble til slutt det offisielle navnet på engelsk.
Så mens Henry Hudson er en betydelig skikkelse i elvens historie, ga han ikke navnet.