Butikken ble designet av Beatles' venn og kunstneriske samarbeidspartner, Simon Posthuma, som også designet deres albumomslag og annet reklamemateriale. Det var ment å være et utsalgssted for varer relatert til Beatles og andre artister knyttet til Apple Records, inkludert klær, tilbehør og hjemmevarer.
Butikken var kjent for sin fargerike og psykedeliske innredning, som reflekterte estetikken på slutten av 1960-tallet. Den inneholdt også gjenstander designet av Beatles selv, for eksempel T-skjorter, skjerf og smykker.
Imidlertid møtte Apple Boutique utfordringer fra begynnelsen, inkludert mangel på ledelseserfaring, økonomisk feilstyring og konkurranse fra andre butikker. Beatles møtte også vanskeligheter med leiekontrakten for eiendommen og uenigheter seg imellom og deres rådgivere om retningen til butikken.
Som et resultat stengte Apple Boutique i august 1968 etter bare ett år i drift. The Beatles led betydelige økonomiske tap fra satsingen, og butikkens nedleggelse markerte slutten på deres direkte engasjement i detaljhandelen.