Historien begynner i Oz under hendelsene i filmen The Wizard of Oz fra 1939 og introduserer to unge kvinner som ikke kunne vært mer annerledes. Elphaba, den fremtidige ugudelige heksen fra Vesten, er en egenrådig og misforstått jente som er født med smaragdgrønn hud. Galinda, den fremtidige gode heksen fra nord, er en vakker og populær blondine som alltid har fått alt hun har ønsket seg.
Til tross for forskjellene deres, blir Elphaba og Galinda venner ved Shiz University, et magisk akademi der de studerer magi. Vennskapet deres blir imidlertid satt på prøve når Elphaba blir anklaget for å være spion for den onde trollmannen fra Oz. Galinda tar side med trollmannen, og Elphaba blir tvunget til å flykte fra universitetet.
Elphaba drar på en reise for å oppdage sin sanne identitet og skjebne, og underveis møter hun flere interessante karakterer, inkludert tinnmannen, fugleskremselet og den feige løven. Hun kommer også ansikt til ansikt med trollmannen fra Oz, som viser seg å være en mektig, men korrupt mann.
Til slutt må Elphaba bestemme seg for om hun skal bruke kreftene sine på godt eller ondt. Hun velger til slutt å bruke kreftene sine til å hjelpe folket i Oz, og hun blir en elsket skikkelse i Oziansk historie.
Temaer
Wicked utforsker flere temaer, inkludert godt vs. ondskap, vennskapets natur og viktigheten av selvaksept. Forestillingen utfordrer også tradisjonelle ideer om heltemot og skurkskap, og den antyder at det ofte er mer til folk enn det man ser.