I denne serien blir hovedpersonen, Mikey Kudo, og vennene hans fraktet til den digitale verden og blir knyttet til Digimon-partnere. Men i stedet for å bli direkte transformert, blir de "smeltet sammen" med sin Digimon, noe som resulterer i en menneske-Digimon hybridform kalt "Fusion Fighters". Dette lar dem bruke Digimons evner og kjempe sammen med dem.
Serien utforsker temaene vennskap, teamarbeid og å overvinne utfordringer mens du navigerer i farene ved den digitale verden.