1. Ridderkommandør av Italias kroneorden :I 1889 hedret kong Umberto I av Italia Flagler med tittelen Ridderkommandør av Italias kroneorden. Denne prestisjetunge prisen ble tildelt ham som en anerkjennelse for hans bidrag til utviklingen av turisme i Florida.
2. Æreslegionen :I 1904 ble Flagler tildelt Æreslegionen, som er den høyeste utmerkelsen som ble gitt av Frankrikes regjering. Denne æren ble gitt til Flagler for hans prestasjoner i hotellbransjen og hans bidrag til utviklingen av den franske rivieraen.
3. Roosevelt-medaljen :I 1915 mottok Flagler Roosevelt-medaljen fra National Civic Federation, en prestisjetung organisasjon dedikert til å fremme sosiale og økonomiske reformer. Medaljen ble tildelt som en anerkjennelse av Flaglers visjon, lederskap og filantropi.
4. Æresgrader :Flagler ble også anerkjent av flere utdanningsinstitusjoner for sine prestasjoner. Han mottok æresgrader fra blant annet Stetson University, Rollins College og University of Florida. Disse gradene anerkjente hans bidrag til utdanning og hans engasjement for å fremme kunnskap.
5. Samfunns- og samfunnsutmerkelser :I tillegg til disse formelle prisene, ble Flagler også hedret av ulike samfunns- og samfunnsorganisasjoner gjennom hele livet. Han mottok en rekke plaketter, sertifikater og resolusjoner som anerkjente hans bidrag til veksten og utviklingen av forskjellige regioner i Florida.
Disse prisene og utmerkelsene gjenspeiler den høye aktelsen Flagler ble holdt i i løpet av sin levetid. Han ble anerkjent for sin visjonære ånd, hans dedikasjon til å bygge Floridas turistindustri og hans filantropiske bestrebelser som ga en varig innvirkning på staten.