Fjernsyn:
* Menn som oppfører seg dårlig (1992–1998): Denne sitcom lanserte Clunes til mainstream-suksess, og spilte den sjarmerende ulykkelige Gary.
* Dok Martin (2004-i dag): Clunes' kanskje mest ikoniske rolle, som den barske, men elskelige legen i den corniske byen Portwenn.
* Reggie Perrin (2007-2009): En nyinnspilling av den klassiske britiske sitcom "The Rise and Fall of Reggie Perrin".
* The Great Escape (2003): En todelt miniserie der Clunes portretterte Roger Bushell.
* Jonathan Creek (2000–2016): Dukket opp i flere episoder av denne mystiske serien som tittelfigurens beste venn, Maddys ektemann.
* Kommandanten (1998-2000): Spilte hovedrollen som kommandør Jack Harper, en Royal Naval offiser.
* William og Mary (2003–2010): Dukket opp som en tilbakevendende karakter, titulærfigurens svoger.
* The Palace (2008): Spilte rollen som et kongelig familiemedlem i denne satiriske komedieserien.
* Manhunt (2019): Portrettert DCI Colin Sutton i denne sanne krimserien om fangsten av Levi Bellfield.
* Dronningens nese (2001): Stemte karakteren til den snakkende hunden, "Queen's Nose", i denne barneserien.
Filmer:
* Heartbeat (1992): Clunes spilte hovedrollen i filmversjonen av den populære ITV-serien.
* The Lakes (2000): En romantisk thriller der Clunes spiller en mann som er besatt av en kvinne.
* The Time Machine (2002): Spilte rollen som Alexander Hartdegen, en vitenskapsmann som reiser til fremtiden.
* The Last Detective (2003): En detektivthriller basert på en serie romaner av forfatteren Michael Connelly.
* Tre og ut (2011): En mørk komediefilm der Clunes spiller en aldrende fotballspiller.
* The Legend of Barney Thomson (2015): En svart komedie der Clunes spiller en frisør som ved et uhell blir en seriemorder.
* SuperBob (2015): Spilte en mild mann som blir tvunget til å bli en superhelt.
Dette er ikke en uttømmende liste, men den inkluderer noen av hans mest bemerkelsesverdige og kjente prosjekter.