Reality vs. Illusion: Det sentrale temaet er virkelighetens natur og om vår oppfatning av det er nøyaktig. Matrisen presenterer en verden der mennesker ubevisst er fanget i en simulert virkelighet kontrollert av maskiner, og stiller spørsmål ved grensene mellom hva som er reelt og hva som er simulert.
Fri vilje og valg: Filmen utforsker ideen om fri vilje og hvor lett den kan manipuleres. Karakterene sliter med konsekvensene av valgene deres og potensialet for både personlig frigjøring og samfunnsendring.
Den menneskelige tilstanden: Matrisen undersøker menneskets natur og overlevelse, identitet og formål. Den utforsker temaer om isolasjon, fremmedgjøring og søket etter mening i en tilsynelatende meningsløs verden.
Teknologi og kontroll: Filmen vekker bekymring for de potensielle farene ved avansert teknologi og dens evne til å kontrollere og manipulere menneskeheten. Den advarer mot potensialet for at maskiner skal bli kraftigere enn mennesker og dominere samfunnet.
sannhetens natur: Filmen utfordrer seerne til å stille spørsmål ved hva de mener er sant og vurderer muligheten for alternative realiteter. Karakterene blir tvunget til å konfrontere sine egne skjevheter og forutsetninger, og til slutt oppdage viktigheten av å søke sannheten.
troens kraft: Matrisen understreker betydningen av individuell tro og virkningen de har på vår oppfatning av virkeligheten. Filmen antyder at troens kraft kan brukes til å overvinne hindringer og oppnå tilsynelatende umulige mål.
Til syvende og sist er The Matrix en film som inviterer seerne til å tenke kritisk på verden rundt dem og stille spørsmål ved arten av sin egen virkelighet.