Med hjelp av kjæresten Karen (Lily Collins) rømmer Nathan fra anlegget og drar på flukt. De må unngå fangst mens de prøver å avdekke den større konspirasjonen bak disse eksperimentene. Nathans telekinetiske krefter blir stadig sterkere, og han begynner å bruke dem til å kjempe tilbake mot regjeringsagentene som forfølger ham.
I en klimatisk kamp konfronterer Nathan lederen av den hemmelige organisasjonen og avslører sannheten om deres aktiviteter for offentligheten. Filmen ender med at Nathan og Karen rømmer og blir gjenforent med Karens mor. Avsløringen av regjeringens eksperimenter fører til et offentlig ramaskrik og oppløsning av den hemmelige organisasjonen.
Slutten åpner muligheten for fremtidige eventyr for Nathan mens han fortsetter å utvikle kreftene sine og lære mer om hans sanne opprinnelse.