Handlingen til Monsters University er som følger:
James P. "Sully" Sullivan og hans beste venn, Michael "Mike" Wazowski, blir tatt opp i Monsters University. De vil begge være med i Roar Omega Roar (ROR), det øverste skremmende brorskapet, men de blir avvist fordi de ikke er skumle nok. De slutter seg til Oozma Kappa (OK), et brorskap som består av mistilpassede og utstøtte. Sully og Mike blir nære venner og lærer å jobbe sammen. De lærer også at det å skremme ikke er det viktigste i livet; vennskap og teamarbeid er viktigere.