India Opals interne konflikt er hennes kamp for å komme over morens død og finne sin plass i verden. Hun takler også ungdomsutfordringene, som pubertet og gruppepress.
India Opals eksterne konflikt er hennes forhold til faren. Han er en snill og kjærlig mann, men han er også veldig opptatt med sitt arbeid som predikant. India Opal føler at hun ikke får nok oppmerksomhet fra ham, og hun misliker de strenge reglene hans.
Romanen følger India Opal mens hun prøver å løse konfliktene sine. Hun blir venner med noen av byens innbyggere, inkludert en bibliotekar, en butikkeier og en mystisk gammel mann. Hun møter også en løs hund, som hun kaller Winn-Dixie. Winn-Dixie blir India Opals beste venn, og han hjelper henne å overvinne sin ensomhet og lære om seg selv.
På grunn av Winn-Dixie er en hjertevarm historie om vennskap, familie og selvoppdagelse. Det er en roman som vil appellere til lesere i alle aldre.