Spenningen bygger seg opp ettersom Thomas og vennene hans møter sine største utfordringer til nå. De må navigere gjennom labyrintens forræderske korridorer mens de blir forfulgt av de nådeløse Grievers, mekaniske skapninger som streifer rundt i labyrinten og utgjør en dødelig trussel. Klimakset når sitt høydepunkt når Thomas konfronterer labyrintens skaper, Ava Paige, og stiller spørsmål ved moralen og motivene bak WCKDs eksperiment.
Midt i kaos og fare avdekker Thomas og Gladers hemmelighetene bak labyrinten og årsakene til deres innesperring. De kommer til enighet med ofrene de må gjøre for å komme seg løs og avsløre sannheten om WCKDs intensjoner.
Klimakset til Maze Runner er preget av intense actionsekvenser, emosjonelle konfrontasjoner og avsløringer som endrer historiens gang og setter scenen for at hendelsene skal utfolde seg i de påfølgende bøkene i serien.