Et av de mest åpenbare trekkene ved stykket som reiser spørsmål om religiøs toleranse, er skildringen av Shylock, den jødiske pengeutlåneren. Shylock er avbildet som en grusom og grådig mann som er besatt av penger og søker hevn mot Antonio, en kristen kjøpmann som har gjort ham urett. Han legemliggjør mange av de negative stereotypiene som var utbredt om jøder på Shakespeares tid, og karakteren hans har ofte blitt tolket som antisemittisk.
På den annen side er det øyeblikk i stykket som utfordrer disse stereotypiene og problematiserer ideen om religiøse fordommer. For eksempel sliter Antonio selv med sine egne fordommer mot jøder, og hans behandling av Shylock viser en blanding av både forakt og sympati. Portia, stykkets heltinne, argumenterer for viktigheten av barmhjertighet og tilgivelse, og hun overtaler til slutt Shylock til å vise nåde mot Antonio. Denne scenen har blitt lest av mange kritikere som en oppfordring til toleranse og forståelse.
Et annet perspektiv på stykkets holdning til religiøs toleranse er at det ganske enkelt gjenspeiler de sosiale og kulturelle realitetene på Shakespeares tid. Antisemittisme var dypt forankret i det kristne samfunnet i Europa, og det ville vært vanskelig for Shakespeare å presentere et mer tolerant syn uten å risikere sensur eller fremmedgjøring av sitt publikum. Dermed kunne stykket sees på som et produkt av sin tid snarere enn en refleksjon av Shakespeares egen tro.
Samlet sett er The Merchant of Venice et komplekst og nyansert skuespill som tilbyr flere perspektiver på religiøs toleranse og fordommer. Selv om den inneholder noen antisemittiske elementer, presenterer den også øyeblikk av medfølelse og forståelse som kompliserer vår lesing av stykkets budskap. Til syvende og sist inviterer stykket publikum til å vurdere kompleksiteten i religiøse forskjeller og kritisk undersøke sine egne fordommer.