Constitutions of Clarendon: Henry II utstedte et sett med lover kjent som Constitutions of Clarendon i 1164. Disse lovene forsøkte å begrense makten og privilegiene til kirken i England, spesielt med hensyn til utnevnelsen av biskoper og jurisdiksjonen over presteskap anklaget for forbrytelser. Becket, som erkebiskopen av Canterbury, motsatte seg grunnlovene som et brudd på kirkens autonomi.
Kirklig immunitet: Henrik II ønsket å hevde sin kontroll over presteskapet og bringe dem inn under de kongelige domstolenes jurisdiksjon. Becket mente på sin side at presteskapet bare skulle være underlagt kirkelige domstoler, og argumenterte for kirkens rett til å styre sine egne saker.
Utnevning av biskoper: Henry II ønsket å si noe om utnevnelsen av biskoper, for å sikre at de var lojale mot ham og støttet hans politikk. Becket insisterte på at utvalget av biskoper skulle baseres utelukkende på religiøse fortjenester, uten kongelig innblanding.
Konflikt om jurisdiksjon: Konflikten eskalerte da en kontorist ved navn Philip de Brois ble anklaget for en forbrytelse og ble hevdet av både de kongelige domstolene og den kirkelige domstolen. Becket nektet å overgi kontoristen til de kongelige domstolene, og hevdet at det krenket kirkens jurisdiksjon.
Uenigheten mellom Henry II og Becket symboliserte en bredere kamp mellom monarkiet og kirken om kontroll og autoritet. Konflikten kulminerte med mordet på Thomas Becket i Canterbury-katedralen i 1170 av riddere lojale mot Henry II. Drapet på Becket førte til et betydelig tilbakeslag og resulterte til slutt i at Henry II ga innrømmelser og bekreftet kirkens privilegier og uavhengighet.